按照國家藥監局的規定：自2004年7月1日起，凡未取得GMP證書的藥品制劑和原料藥生產企業，將被終止《藥品生產許可證》，同時撤銷其相應藥品生產批準文號，責令停止生產。因此，GMP認證對于數千家藥品生產企業來說，猶如一道生死令。
    面對這項浩大的工程最頭疼的，還是那些發展勢頭不錯而資金短缺的中小型企業，他們正處于進退維谷的尷尬境地之中。如果要通過GMP，就得進行大量的資金投入，要改善硬件，進行技術改造。技術改造就得投資，要投資勢必造成醫藥的成本提高，價格必然要高，就沒有競爭能力。全國各地的中小藥企都處于相似的境地之中。
    為通過GMP認證，各制藥企業都建GMP廠房，大量資金壓在固定資產上，據說全國總投入200億人民幣，這給新產品開發和市場開拓造成壓力，甚至資金短缺。同時，GMP廠房多而利用率不足，導致大量資產閑置。據統計，藥廠的生產能力至少在2001年的基礎上擴大了兩倍，生產能力嚴重過剩，約有70%的企業，50%的設備在閑置。通過GMP認證的企業中，約65%的生產線面臨開工不足；約50%以上的企業老板在為新品種四處奔波；約60%的中小企業在不同程度承受著新品研發、銀行還貸、營銷渠道建設、資金缺乏的巨大壓力。由于企業迫切需要在最短的時間內見到效益，如果我國自己的企業還沒有更多、更好的品種可以上市的話，國外醫藥企業包括洋中藥等，拿著許多在本國已不生產的品種和技術，零資金投入就可能占領我們用大量資金通過GMP認證的醫藥企業，同時享受我們的廉價勞動力。今天勒緊褲帶通過GMP認證的企業中，大概有相當比例會因品種問題而將生產線拱手讓人。
    醫藥企業要生存，就要籌集大量資金進行廠房和設備的技術改造，動輒幾百萬、幾千萬投入固定資產中，會造成許多企業因無力購買原材料而“自殺”。但若不進行技術改造，則只有遭遇“被殺”。
    基于這些原因，中國醫藥企業競爭力課題組的專家建議，資金緊張的小藥廠不應該把有限的資金全部壓在GMP改造上，這樣會導致固定資本投入劇增，并耗費企業大量精力。而戰略聯合、資產重組、委托加工是值得企業思考的出路。